具体的质量体系认证过程总体上分为五个阶段：认证申请、受理申请、体系审核、审批与注册发证、监督管理。

认证申请：企业可在决定是否申请认证之前向任何一个认证机构索取有关制度的住处包括认证规则、公开文件，各项规定、其它有关资料(这些资料均免费提供)。企业向其自愿选择的某个体系认证机构提出申请，按认证机构要求提交申请文件，包括企业质量手册、程序文件等体系文件。

受理申请：认证机构收到申请方的正式申请后，将对申请方的申请文件进行审查，包括填报的各项内容是完整和正确及质量手册的内容总体上是否覆盖了相应质量合格保证模式标准的要求等。经审查若符合规定的申请要求，决定接受申请，由认证机构向申请方发出“受理申请书”，双方签订合同，并通知申请方下一步的工作安排等。

体系审核：体系认证机构指派数名国家注册审核员实施审核工作，包括文件审查、现场检查前的准备，到企业现场进行评定，审核结束提交审核报告等。

审批与注册发证：认证机构按程序审核，通过后颁发证书、注册并向社会公告。

监督管理：在证书的有效期内，认证机构每年对企业至少进行一次监督审核，根据企业的质量体系运行情况，按规定，分别予以保持、暂停及撤消/注销企业的质量体系认证证书。